《華中農業大學學報》為中國自然科學核心期刊，屬國家科技論文統計刊源之一。據中國科學引文數據庫報道，《華中農業大學學報》是被引頻次最多的十大農林期刊之一。《華中農業大學學報》被國際著名的數據庫CAB，AGRIS，AGRICOLA收錄，是美國《CA》、俄羅斯《文摘雜志》、聯合國糧農組織《Agridex》、英國《ZA》等文摘期刊的重要刊源，國內中國科學引文數據庫、中國農林文獻數據庫和所有農業文摘期刊，《中國生物學文摘》等均收錄本刊。

《華中農業大學學報》1997年，獲第二屆全國優秀科技期刊二等獎；1999年，獲全國高校自然科學學報及教育部優秀期刊一等獎；2001年，選入新聞出版署期刊方陣“雙百”期刊;連續三次入選教育部中國高校精品科技期刊;2009年，獲全車高校科技期刊優秀編輯質量獎；2010年，被評為湖北省十大有影響學術期刊（自然科學類）、2012年獲“第四屆中國高校優秀科技期刊獎”及“第二屆湖北省精品期刊獎”。