《內蒙古農業大學學報》（自然科學版）（雙月刊）創刊于1957年，是內蒙古高校中創辦最早的學報，也是內蒙古創辦最早的科技期刊，已有50年的辦刊史，前身為《內蒙古畜牧獸醫學院學報》和《內蒙古農牧學院學報》，1999年更名為《內蒙古農業大學學報》。以貫徹“雙百”方針，堅持少數民族地區農業高校的辦刊特色，促進學術交流，促進教學、科研和生產的發展，為內蒙古自治區的社會主義經濟建設服務為辦刊宗旨。設有“動物科學與醫學”、“生態環境科學”、“植物品種資源”、“生物工程”、“食品工程”、“林業科學”、“植物保護”、“園藝科學”、“水利與土木工程”、“機電工程”、“林業工程”、“計算機及其應用”、“基礎科學”等欄目，主要讀者對象是國內農業高校的師生、國內外各科研單位的科技人員以及各級農牧業技術干部。

《內蒙古農業大學學報》（自然科學版）獲全國高等學校優秀自然科學學報；教育部優秀科技期刊；內蒙古自治區優秀科技期刊。