《南通大學學報（醫學版）》原為《南通醫學院學報》，1981年創刊，原刊號CN 32-1142/R， ISSN 1000-2057，季刊。南通大學組建后，2005年第1期起改現刊名。2009年，經國家新聞出版總署批準，《南通醫學院學報》更名為《南通大學學報（醫學版）》，刊號為CN 32-1807/R ，ISSN 1674-7887。由季刊改為雙月刊，每期80頁。南通大學主辦，江蘇省教育廳主管，國內外公開發行。現為江蘇省一級期刊及統計源期刊，中國醫學文摘系列、中國藥學文摘、中文科技資料目錄—醫藥衛生和中醫藥等收錄期刊；中國期刊全文數據庫、中國核心期刊（遴選）數據庫、中國學術期刊綜合評估數據庫源期刊。本刊設有基礎研究、臨床研究、研究簡報、技術方法、調查報告、病例報告、文獻綜述等欄目。

《南通大學學報（醫學版）》1989年江蘇省高校學報及全國醫學院校學報質量評比中分別獲三等獎和優秀獎；；1992年全國科技期刊評比中榮獲交通部優秀科技期刊獎；；1999年4月榮獲江蘇省優秀自然科學學報二等獎。